【2026年分】個人事業主の医療費控除は経費になる？対象費用と確定申告の方法

「個人事業主が病院で支払った医療費は、事業の経費になる？」

「年間10万円以上の医療費を支払わないと、医療費控除は受けられない？」

「妻や子どもの医療費も、自分の確定申告でまとめて控除できる？」

個人事業主やフリーランスとして働いていると、病院代や薬代を事業の経費にできるのか迷うことがあるのではないでしょうか。

結論からいうと、個人事業主本人や家族の個人的な治療費は、原則として事業の必要経費にはなりません。

ただし、一定の条件を満たせば、所得税の確定申告で「医療費控除」を受けることができます。

また、医療費控除は「年間10万円を超えなければ絶対に使えない」という制度ではありません。

その年の総所得金額等が200万円未満の人は、医療費が10万円未満でも控除を受けられる場合があります。

さらに、自分自身の医療費だけでなく、生計を一にする配偶者や子ども、親などのために支払った医療費も対象になることがあります。

この記事では、個人事業主の医療費と経費の違い、控除の対象となる費用、10万円以下でも使える条件、家族分の合算方法、2026年分の確定申告の手順を、現役税務会計スタッフが実務目線で解説します。

個人事業主の医療費は経費になる？医療費控除との違い

まず理解しておきたいのは、事業の必要経費と医療費控除は異なる制度だという点です。

本人の病院代・薬代は原則として事業経費にならない

個人事業主が事業の必要経費にできるのは、原則として事業収入を得るために必要な費用です。

例えば、取引先を訪問するための交通費や、事業で使う通信費などが該当します。

一方、個人事業主本人が病気やけがの治療を受けた際の医療費は、基本的に個人の生活に関する支出です。

「自分が健康でなければ仕事ができない」という理由だけで、病院代や薬代を事業経費にすることはできません。

これは、仕事が忙しくて体調を崩した場合も同じです。

個人の治療費が仕事と間接的に関係していても、原則として事業経費ではありません。

医療費控除は所得から差し引く制度

一方、医療費控除は所得税の所得控除の一つです。

その年に支払った一定の医療費をもとに計算した金額を、課税所得の計算上、所得から差し引くことができます。

例えば、事業所得が500万円ある個人事業主について、医療費控除額が10万円となった場合、所得控除として10万円を差し引くことができます。

ただし、医療費控除額10万円＝税金が10万円戻るという意味ではありません。

所得税の軽減額は、課税所得や適用税率などによって異なります。

必要経費と医療費控除を比較

事業用口座・カードで医療費を支払ったら？

事業用銀行口座から本人の治療費30,000円を支払った場合、通常は事業主貸として処理します。

事業用カードで支払ったからといって、治療費が事業経費に変わるわけではありません。

医療費控除の対象となる支払いであれば、事業帳簿の経費には入れず、所得税の確定申告で別途集計します。

医療費控除はいくらから？10万円未満でも使える条件

医療費控除については、「医療費を年間10万円以上支払わなければ使えない」と考えている方も多いかもしれません。

しかし、これは必ずしも正確ではありません。

医療費控除の計算で差し引く基準額は、原則10万円ですが、その年の総所得金額等が200万円未満の場合は、総所得金額等の5％です。

医療費控除額の計算式

計算例①｜医療費25万円・保険金5万円の場合

総所得金額等が200万円以上の個人事業主が、次の医療費を支払った場合を考えます。

この場合は、25万円から5万円と10万円を差し引いた10万円が医療費控除額となります。

ただし、税金が10万円還付されるわけではありません。

税負担の軽減額は、所得税率、ほかの所得控除、源泉徴収済税額などによって変わります。

計算例②｜医療費が10万円未満でも控除できる

例えば、総所得金額等が160万円の個人事業主が、年間9万円の対象医療費を支払った場合です。

保険金等の補填はないものとします。

総所得金額等が200万円未満なので、差し引く基準額は次のとおりです。

160万円 × 5％ ＝ 8万円

したがって、医療費控除額は9万円−8万円＝1万円です。

このように、医療費が10万円未満でも控除できる場合があります。

なお、ここでいう「総所得金額等」は事業の売上高ではありません。

事業所得や給与所得、他の所得の状況などによって計算されるため、「売上200万円未満かどうか」で判断しないようにしましょう。

計算例③｜個人事業の利益が赤字なら税金は戻る？

医療費控除を受けられる金額があっても、必ず税金が還付されるわけではありません。

例えば、所得控除などを計算した結果、所得税の税額が0円になる場合、医療費控除を追加しても所得税の還付が発生しないことがあります。

一方、個人事業が赤字でも給与所得があり、源泉徴収税額がある場合などは、確定申告で医療費控除を適用する意味があることがあります。

事業所得だけでなく、その年の所得と税額全体を確認しましょう。

医療費控除の対象になる費用・ならない費用一覧

医療費控除は、病気やけがの治療に必要な費用が主な対象です。

一方、予防や美容、一般的な健康増進を目的とする費用は、原則として対象外です。

病院・歯医者の治療費

医師や歯科医師による診療・治療の対価は、原則として医療費控除の対象です。

健康保険を使用した診療だけでなく、自由診療であっても、一般的に支出される水準を著しく超えない治療費は対象になる場合があります。

例えば、歯の治療で使用する一定の材料に関する費用も対象になります。

ただし、治療内容によって判断が異なるため、自由診療なら何でも対象というわけではありません。

ドラッグストアで購入した風邪薬

治療や療養に必要な医薬品の購入費用は、医療費控除の対象になることがあります。

例えば、風邪をひいた際に購入した一般的な風邪薬が該当します。

一方、健康増進を目的として購入したビタミン剤やサプリメントなどは、通常の医療費控除の対象外です。

購入場所がドラッグストアであることや、医師の処方箋がないことだけで判断するわけではありません。

通院交通費｜電車・バスは対象、車のガソリン代は対象外

治療のために病院へ通院する際の電車代やバス代は、原則として医療費控除の対象になります。

一方、自家用車で通院した場合のガソリン代や駐車料金は対象外です。

タクシー代については、病状などにより公共交通機関を利用できない場合に、対象となることがあります。

通院交通費は領収書がないこともあるため、通院日、病院名、交通手段、金額などを記録しておきましょう。

歯列矯正・インプラントなどの歯科治療

歯列矯正は、目的によって医療費控除の取扱いが異なります。

例えば、子どもの発育を妨げないために必要な不正咬合の矯正は、対象になる場合があります。

一方、見た目を美しくすることだけを目的とした歯列矯正は対象外です。

インプラント等の自由診療についても、治療のための費用で一般的な水準を著しく超えない範囲か確認します。

健康診断・人間ドックは原則対象外

一般的な健康診断や人間ドックは、疾病の治療ではなく、健康状態の確認を目的とするため、原則として医療費控除の対象外です。

ただし、健康診断で重大な疾病が発見され、引き続き治療を受けた場合には、その健康診断費用が医療費控除の対象になることがあります。

個人事業主本人の健康診断費と、従業員の健康診断費の経費処理については、次の記事でも詳しく説明しています。

妻・子ども・親の医療費は合算できる？

医療費控除は、本人のために支払った医療費だけが対象ではありません。

国税庁は、自己または自己と生計を一にする配偶者その他の親族のために支払った医療費を対象としています。

家族が同居していなくても対象になる場合がある

「生計を一にする」とは、必ずしも同居していることだけを意味しません。

例えば、別居している親や子どもでも、生活費を送金しているなど、生活を共にしていると認められる場合があります。

ただし、親族というだけで無条件に医療費を合算できるわけではありません。

実際に誰が医療費を支払ったか、生計を一にしているかを確認する必要があります。

共働き夫婦はどちらが控除する？

例えば、夫が個人事業主で、妻が会社員という家庭を考えます。

生計を一にする家族の医療費について、夫が実際に支払ったものは、原則として夫の医療費控除に含めることができます。

一方、妻が実際に負担した医療費を、単に夫の税率が高いからという理由だけで自由に夫の控除へ付け替えることは適切ではありません。

誰が支払った医療費かが重要であり、同じ医療費を夫婦双方で重複して控除することもできません。

子どもの医療費が少なくても合算できる

例えば、本人の医療費が7万円、子どもの医療費が5万円で、どちらも個人事業主本人が支払っている場合です。

家族が生計を一にしており、いずれも控除対象となる費用であれば、年間12万円として計算できます。

所得や保険金等の補填状況によっては、医療費控除を受けられます。

保険金・高額療養費・出産育児一時金を受け取った場合

医療費控除を計算する際は、実際に支払った対象医療費から、保険金などで補填される金額を差し引く必要があります。

例えば、次のようなものです。

• 生命保険の入院給付金
• 医療保険の手術給付金
• 健康保険の高額療養費
• 出産育児一時金
• その他、対象医療費を補填する給付金

保険金は他の医療費から何でも差し引くわけではない

ここは実務上、非常に重要です。

保険金等の補填額は、その給付の目的となった医療費を限度として差し引きます。

例えば、入院費10万円に対して入院給付金15万円を受け取った場合、入院費から差し引くのは10万円までです。

余った5万円を、歯科治療費や別の病院代などからさらに差し引く必要はありません。

保険金等の補填額を一律に年間医療費全体から差し引くと、控除額を少なく計算してしまう場合があります。

出産手当金は原則として差し引かない

出産に関係する給付金でも、医療費から差し引くものと差し引かないものがあります。

例えば、出産育児一時金は出産費用を補填するため、医療費控除の計算上、対象となる出産費用から差し引きます。

一方、出産前後に働けなかったことによる所得保障の性質を持つ出産手当金は、医療費を補填するものではないため、原則として医療費控除の計算で差し引きません。

名前が似ている制度なので混同しないようにしましょう。

保険金額が申告時点で確定していない場合

医療費を補填する保険金の金額が、確定申告時点でまだ決まっていないこともあります。

この場合は、見込額に基づいて医療費控除額を計算します。

後日、実際に受け取る金額が見込額と異なった場合は、修正申告や更正の請求などにより訂正が必要になる場合があります。

セルフメディケーション税制と医療費控除の違い

一般的な医療費控除とは別に、セルフメディケーション税制という制度があります。

これは、一定の健康管理の取組を行っている人が、対象となる特定一般用医薬品等を購入した場合に利用できる医療費控除の特例です。

対象の市販薬を12,000円超購入した場合

2026年分のセルフメディケーション税制では、一定の要件を満たした人について、対象医薬品等の購入費が年間12,000円を超える場合、超えた部分について最高88,000円の所得控除を受けられます。

ただし、購入した薬が制度の対象となるか、本人が健康診断・予防接種などの一定の取組を行っているかなどの条件があります。

通常の医療費控除とは併用できない

通常の医療費控除とセルフメディケーション税制は、同じ年分について併用できません。

そのため、両方の対象になる可能性がある場合は、それぞれ控除額を計算し、自分にとって有利な制度を選ぶことになります。

なお、健康診断や予防接種などはセルフメディケーション税制の適用に必要な取組に該当する場合がありますが、その費用自体が自動的に控除対象になるわけではありません。

2026年分の医療費控除はいつまで？確定申告の方法

医療費控除を受けるためには、原則として確定申告が必要です。

個人事業主は、事業所得などを計算する確定申告書と併せて、医療費控除の明細を作成します。

2026年分の確定申告期限

2026年分の医療費控除では、原則として2026年1月1日から12月31日までに実際に支払った医療費を集計します。

例えば、2026年12月に治療を受け、2027年1月に代金を支払った場合は、原則として2027年分の医療費控除の対象です。

治療を受けた日と支払った年が異なる場合は注意しましょう。

なお、所得税の還付申告については、通常の確定申告期間より前から提出できる場合があります。また、還付申告ができる期間のルールも別途あります。

STEP1｜医療費を支払った領収書・医療費通知を集める

まず、1年間に支払った医療費を集計します。

病院や薬局の領収書、医療費通知、通院交通費の記録などを用意しましょう。

医療費通知には記載されない自由診療費や、一部の医薬品代、通院交通費などがある場合は、別途確認する必要があります。

STEP2｜対象となる医療費と補填額を整理する

医療費控除の対象外となる健康診断費や美容目的の費用などは、原則として除外します。

そのうえで、入院給付金や高額療養費など、対象医療費を補填する金額を整理します。

家族分の医療費を集計する際は、実際に支払った人と、生計を一にする親族かどうかを確認しましょう。

STEP3｜医療費控除の明細書を作成する

医療費控除の適用を受けるには、原則として「医療費控除の明細書」を作成し、確定申告書に添付します。

明細書には、医療を受けた人、病院・薬局などの名称、支払った医療費、保険金等の補填額などを記載します。

一定の要件を満たした医療費通知を利用する場合には、明細書の記載を簡略化できることがあります。

STEP4｜確定申告書へ医療費控除額を反映する

医療費控除の明細書を作成したら、算出した控除額を確定申告書の医療費控除の欄へ反映します。

所得税の確定申告書等作成コーナーでは、画面の案内に従って入力できます。

医療費控除だけを別の確定申告書で提出するわけではありません。

個人事業主の場合は、事業所得やほかの所得・所得控除と合わせて申告します。

STEP5｜e-Taxなどで申告する

確定申告書を作成したら、e-Taxで電子申告する方法や、書面で提出する方法があります。

マイナンバーカードやマイナポータル連携を利用することで、取得できる医療費情報を申告書の作成に活用できる場合があります。

ただし、マイナポータルに表示されない医療費や、交通費などがないか、領収書等と照合しましょう。

国税庁の確定申告書等作成コーナーを利用すると、入力内容に基づいて税額等を計算できます。

医療費の領収書は提出する？5年間保存が必要

医療費控除では、原則として医療費の領収書そのものを確定申告書に添付するのではなく、医療費控除の明細書を提出します。

そして、明細書を作成した根拠となる領収書は、確定申告期限等から5年間保存する必要があります。

ただし、一定の要件を満たした医療費通知を申告書に添付した場合は、その通知に記載された医療費について領収書の保存が不要になる取扱いがあります。

この例外があるため、すべての医療費について一律に「絶対に5年保存しなければならない」とするのも正確ではありません。

医療費通知にない費用は別途整理する

例えば、医療費通知に載っていない自由診療の費用、治療用の市販薬、通院交通費などを医療費控除に含めたい場合は、領収書や記録をもとに整理します。

医療費通知に載っている金額だけをそのまま使うと、控除対象となる費用が漏れることがあります。

また、通知に反映される時期の関係で、年末に支払った医療費が含まれていない場合もあるため注意しましょう。

事業用の領収書と医療費の領収書は分けて管理

個人事業主は、事業の経費として保存する領収書と、個人の医療費控除に利用する領収書を分けておくことをおすすめします。

例えば、事業用のクラウド会計ソフトに医療費を必要経費として登録してしまうと、事業所得を誤って計算する原因になります。

医療費は所得控除として申告するため、事業帳簿の処理と区別しましょう。

個人事業主が医療費控除で間違えやすい5つのポイント

① 医療費をすべて事業の経費にしてしまう

個人事業主本人の治療費は、原則として事業の必要経費ではありません。

事業用の銀行口座やクレジットカードで支払った場合は、事業主貸などで適切に処理し、医療費控除は確定申告書で別途計算します。

② 10万円未満だから控除できないと判断する

総所得金額等が200万円未満の場合は、総所得金額等の5％が基準額になります。

年間10万円未満の医療費であっても控除できる場合があります。

③ 健康保険料を医療費控除に含める

個人事業主が支払う国民健康保険料や国民年金保険料は、原則として医療費控除ではなく社会保険料控除の対象です。

病院で支払った医療費と、毎月支払う保険料を混同しないようにしましょう。

④ 家族分の医療費を確認しない

生計を一にする親族のために実際に支払った医療費は、本人の医療費控除へ含めることができる場合があります。

自分自身の病院代だけを集計して終わらせないようにしましょう。

⑤ 保険金等の補填額を正しく差し引いていない

入院給付金や高額療養費などを受け取った場合、対象となる医療費から補填額を差し引きます。

ただし、その給付の対象となった医療費を超える補填額を、ほかの医療費から差し引く必要はありません。

2026年分の医療費控除チェックリスト

個人事業主の医療費控除でよくある質問

Q. 個人事業主の医療費は、福利厚生費として経費にできますか？

個人事業主本人の治療費を、福利厚生費として事業の必要経費にすることは原則としてできません。

個人事業主本人は、自分自身の従業員ではないためです。

ただし、一定の医療費については所得税の医療費控除を検討できます。

Q. 10万円以下の医療費でも控除できますか？

総所得金額等が200万円未満の人は、その金額の5％が基準額になります。

そのため、医療費が10万円以下でも医療費控除を受けられる場合があります。

ただし、実際の控除額や税負担の軽減額は所得の状況等によって異なります。

Q. 別居している両親の医療費も合算できますか？

別居していても、生活費を送金しているなど生計を一にすると認められ、本人が実際に医療費を支払っている場合は、医療費控除の対象になることがあります。

単に親族であるというだけではなく、生計関係と支払状況を確認しましょう。

Q. クレジットカード払いの場合、利用日と引落日のどちらの年？

通常のクレジットカード払いでは、カード会社が立替払いを行う仕組みのため、医療機関への支払が成立した年の医療費として扱います。

実際に銀行口座から引き落とされた年だけで判断するわけではありません。

ただし、立替払いの内容や支払方法によって取扱いが異なる場合があるため、利用明細等で確認しましょう。

Q. 医療費控除額が20万円なら20万円還付されますか？

いいえ。医療費控除は所得控除です。

20万円の控除を受けられる場合、税額計算上の所得から20万円を差し引きますが、20万円がそのまま返金されるわけではありません。

所得税の軽減額は、課税所得や税率などによって異なります。

Q. 会社員の副業と個人事業を両方している場合は？

会社から給与を受け取りながら個人事業をしている方も、医療費控除の対象になる場合があります。

確定申告をする際には、原則として給与所得と事業所得などを合わせて税額を計算し、医療費控除を適用します。

年末調整で計算済みの給与所得についても、確定申告書に必要な情報を反映します。

Q. 医療費控除の申告を忘れたら、もう受けられませんか？

申告状況によっては、還付申告や更正の請求などの手続きによって医療費控除を受けられる場合があります。

ただし、申告義務の有無、すでに提出した申告内容、各手続きの期限などによって方法が異なります。

過去分の申告をやり直す場合は、国税庁の案内や税務署で確認しましょう。

まとめ｜個人事業主の医療費は経費ではなく所得控除で確認

個人事業主本人や家族の個人的な治療費は、原則として事業の必要経費にはなりません。

しかし、一定の条件を満たせば、所得税の確定申告で医療費控除を受けられます。

特に注意したいのは、医療費控除の基準額が一律10万円ではないことです。

総所得金額等が200万円未満の場合は、その5％を基準に計算するため、医療費が10万円未満でも控除を受けられる場合があります。

また、生計を一にする家族のために支払った医療費、通院交通費、治療用の医薬品など、見落としやすい対象費用もあります。

一方、健康診断や美容目的の費用、保険料などは、原則として医療費控除に含めない点にも注意しましょう。

2026年分の確定申告では、医療費の領収書や医療費通知を整理し、保険金等の補填額を確認したうえで、医療費控除の明細書を作成します。

医療費を事業の経費に混ぜず、確定申告で所得控除として正しく計算することが大切です。

事業経費の処理や確定申告全体に不安がある場合は、会計ソフトや税理士等の専門家を活用することも検討しましょう。

参考情報・公的資料

• 国税庁｜No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）
• 国税庁｜No.1122 医療費控除の対象となる医療費
• 国税庁｜医療費控除の対象となる医療費に関するQ&A
• 国税庁｜No.1124 医療費控除の対象となる出産費用
• 国税庁｜No.1128 医療費控除の対象となる歯の治療費
• 国税庁｜No.1119 医療費控除に関する手続き
• 国税庁｜No.1133 セルフメディケーション税制の健康管理の取組
• 国税庁｜No.1130 社会保険料控除
• 国税庁｜主な国税の納期限
• 国税庁｜確定申告書等作成コーナー

本記事は2026年10月23日時点で確認できる国税庁の公式情報に基づく一般的な解説です。医療費控除の対象や控除額、申告手続きは、支払内容、所得状況、保険金等の補填状況などによって異なります。実際の申告では最新の国税庁の案内をご確認ください。