【2026年最新】個人事業主も年末調整が必要？従業員・専従者の手続きと改正点

「個人事業主でも年末調整をする必要がある？」

「アルバイトを1人雇っているけれど、年末調整はどうすればいい？」

「妻に青色事業専従者給与を払っている場合も年末調整が必要？」

年末が近づくと、このような疑問を持つ個人事業主の方もいるのではないでしょうか。

結論からいうと、個人事業主本人の事業所得については通常、年末調整を行いません。しかし、従業員や青色事業専従者へ給与を支払っている場合は、給与の支払者として年末調整を行う必要があることがあります。

また、2026年分の年末調整では、所得税の基礎控除や給与所得控除の引上げ、扶養親族等の所得要件の変更など、重要な改正が行われています。

前年の計算方法や古い税額表をそのまま使用すると、年末調整の金額を誤るおそれがあります。

この記事では、個人事業主の年末調整が必要になるケース、青色事業専従者の取扱い、2026年分の改正点、必要書類、具体的な進め方と提出期限を、現役税務会計スタッフがわかりやすく解説します。

個人事業主は年末調整をする必要がある？

年末調整は、給与の支払者が、給与から毎月源泉徴収した所得税等と、その給与所得者が1年間に納めるべき年税額との差額を精算する手続きです。

個人事業主が年末調整をする必要があるかは、自分の税金を計算する立場なのか、従業員などに給与を支払う立場なのかによって異なります。

個人事業主本人の事業所得は年末調整しない

個人事業主本人の事業所得については、通常、年末調整を行いません。

なぜなら、年末調整は給与所得者を対象とする制度であり、事業主が自分の事業から得る利益は通常、給与所得ではなく事業所得だからです。

例えば、フリーランスとして年間800万円の売上があり、経費が300万円だった場合を考えましょう。

売上から経費を差し引いた事業利益は500万円です。

この500万円については、青色申告特別控除や所得控除などを確認したうえで、原則として所得税の確定申告を行います。

自分で年末調整を行う必要はありません。

従業員を雇っている場合は年末調整が必要になる

個人事業主でも、従業員へ給与を支払っている場合は、給与の支払者として源泉徴収や年末調整の手続きを行う立場になります。

例えば、次のようなケースです。

• 店舗でアルバイトを1人雇っている
• 事務スタッフへ毎月給与を支払っている
• 飲食店でパート従業員を雇用している
• 家族に青色事業専従者給与を支払っている

給与を支払っている場合は、従業員ごとに年末調整の対象者に該当するか確認する必要があります。

個人事業主であることや従業員が少人数であることを理由に、年末調整がすべて不要になるわけではありません。

本人・従業員・専従者・外注先の違い

業務委託であっても、契約や働き方の実態によって給与と判断される場合があります。

外注費と給与の違いは次の記事で解説しています。

青色事業専従者に年末調整は必要？妻や家族の場合

個人事業主が妻や夫などの家族に青色事業専従者給与を支払っている場合も、年末調整の取扱いを確認する必要があります。

青色事業専従者給与は、一定の要件を満たせば事業主の必要経費にできる制度です。

ただし、青色事業専従者に支払う給与も、専従者本人にとっては給与所得です。

したがって、年末調整の対象要件を満たす場合は、給与を支払う個人事業主が年末調整を行います。

妻に毎月15万円の専従者給与を支払う例

例えば、個人事業主が妻へ毎月15万円の青色事業専従者給与を支払っているとします。

年間の給与支払額は180万円です。

この場合、妻に支払う給与について、給与所得者の扶養控除等申告書などの提出状況を確認し、年末調整の対象者に該当するか判断します。

給与から差し引く所得税が毎月0円であった場合でも、給与支払額や控除申告書を確認する必要があります。

「給与額が少ないから年末調整の確認は一切不要」とは判断しないようにしましょう。

青色事業専従者は配偶者控除と併用できない

青色事業専従者給与を受け取る配偶者は、原則として事業主の配偶者控除や配偶者特別控除の対象になりません。

この点は、専従者本人が年末調整の対象になるかどうかとは別の問題です。

例えば、夫が個人事業主で妻に青色事業専従者給与を支払っている場合、妻の年末調整の対象要件を確認する一方で、夫の所得税計算では青色事業専従者給与と配偶者控除の関係に注意する必要があります。

詳しくは次の記事をご確認ください。

2026年分の年末調整は何が変わった？主な改正点

2026年分の年末調整では、前年から引き続く変更に加え、令和8年度税制改正による新たな見直しが行われています。

特に重要なのは、基礎控除と給与所得控除の引上げです。

① 基礎控除は最高104万円に

2026年分の所得税では、一定の所得以下の方について基礎控除が最高104万円となります。

ただし、すべての給与所得者が104万円を控除できるわけではありません。

基礎控除額は本人の合計所得金額に応じて変わります。

例えば、合計所得金額が132万円以下の場合には基礎控除104万円となりますが、これを超えると所得に応じて控除額が変わります。

2026年分の年末調整では、国税庁が公表している最新の基礎控除額の表を使い、対象者ごとに正しい控除額を確認しましょう。

② 給与所得控除の最低保障額は74万円

2026年分の給与所得控除では、最低保障額が74万円へ引き上げられています。

給与所得控除とは、給与収入から一定の計算方法によって差し引く控除です。

個人事業主の必要経費と同じものではありません。

給与を受け取る従業員について給与所得の金額を計算する際には、2026年分の年末調整用の計算表を使用する必要があります。

2025年分の表をそのまま流用しないようにしましょう。

③ 「年収178万円の壁」は誰にでも当てはまる？

2026年分の所得税について、給与収入のみで一定の条件を満たす場合には、給与所得控除74万円と基礎控除104万円の合計178万円が、本人の所得税の課税を考える際の目安になります。

ただし、これはすべての税金・社会保険料について178万円まで負担がないという意味ではありません。

例えば、住民税や社会保険の扶養・加入要件などは別のルールで判断します。

また、給与以外の所得がある場合や、所得金額による控除額の違いにも注意が必要です。

従業員から「178万円まで働いても何も引かれませんか」と聞かれた場合は、所得税・住民税・社会保険を区別して説明しましょう。

④ 23歳未満の扶養親族がいる場合の生命保険料控除

2026年分から、年齢23歳未満の扶養親族を有する場合に、一般の生命保険料控除について特例が設けられています。

一定の要件のもと、新生命保険料に係る控除額の上限が通常の4万円から6万円になる場合があります。

ただし、生命保険料控除全体の上限12万円は変わりません。

また、旧契約と新契約を併用している場合などは、単純に6万円を適用できるとは限りません。

該当する従業員がいる場合は、保険料控除申告書の記載と保険会社が発行した証明書類を確認しましょう。

⑤ 特定親族特別控除などの判定も確認

19歳以上23歳未満の親族については、合計所得金額に応じた特定親族特別控除の制度があります。

2026年分は、所得要件の変更もあるため、前年と同じ年収基準だけで判断しないようにしましょう。

また、扶養控除等申告書と、特定親族特別控除申告書では、確認する内容が異なります。

給与を支払う事業主は、従業員から提出された申告書をもとに、各控除の対象要件を確認することが重要です。

個人事業主が年末調整で集める書類一覧

従業員や青色事業専従者の年末調整を行う場合は、給与の支払者として必要な申告書や証明書を集めます。

すべての従業員にすべての控除が当てはまるわけではありませんが、必要な書類に漏れがないか確認することが大切です。

なお、国税庁の2026年分の様式では、複数の控除申告書をまとめた用紙も案内されています。

従業員へ配布する際は、最新の様式を使用しましょう。

保険料控除証明書の提出漏れに注意

生命保険料控除や地震保険料控除を受ける場合は、原則として保険会社等が発行する控除証明書を確認します。

ただし、証明書の提出・提示が必要かどうかは、契約の種類や制度によって異なります。

国民年金保険料を本人が支払っている場合なども、必要な証明書を確認しましょう。

また、小規模企業共済等掛金について、給与所得者本人が支払っている場合には、控除申告書や証明書の確認が必要です。

住宅ローン控除の初年度は原則として確定申告

従業員が住宅ローン控除を初めて受ける年は、原則として確定申告が必要です。

一定の要件を満たす場合は、2年目以降、年末調整によって住宅ローン控除の適用を受けることができます。

「住宅ローンがある従業員は毎年必ず確定申告する」というわけではないため、初年度かどうかを確認しましょう。

個人事業主が年末調整を行う手順｜5ステップ

書類を集めたら、給与の支払者として年末調整を進めます。

基本的には、次の5ステップで整理するとわかりやすいでしょう。

STEP1｜従業員ごとの年末調整対象者を確認する

最初に、誰の年末調整を行う必要があるか確認します。

一般的には、扶養控除等申告書を提出していて、1年を通じて勤務している方や年途中から入社して年末まで勤務している方が対象になります。

青色事業専従者も、要件を満たす場合は対象になります。

ただし、年間の給与収入が2,000万円を超える方など、年末調整の対象にならない場合もあります。

STEP2｜年間の給与・賞与・源泉徴収税額を集計する

次に、対象者ごとに2026年中に支払うことが確定した給与・賞与を集計します。

年末調整の対象となるのは、原則として2026年1月1日から12月31日までに支払うことが確定した給与です。

例えば、12月分の勤務に対する給与が翌年1月10日の支給日となっている場合、その給与は通常、翌年分の給与となります。

一方、本年中に支払うことが確定した給与が未払いとなっている場合は、本年分の年末調整に含める必要があります。

給与の集計を行う際には、勤務月と給与の支給日を混同しないようにしましょう。

STEP3｜所得控除額を確認して年税額を計算する

年間の給与収入を確定したら、2026年分の給与所得控除後の金額を計算します。

その後、従業員から提出された各種申告書に基づいて、基礎控除、扶養控除、配偶者控除、生命保険料控除などを確認します。

2026年分では、基礎控除額や給与所得控除の計算が前年と異なるため、必ず2026年分の計算表を使用してください。

課税所得を求めたら、所定の税率等により年調年税額を計算します。

STEP4｜源泉徴収税額との差額を精算する

年調年税額がわかったら、1年間に源泉徴収した税額との違いを確認します。

例えば、次のようなケースです。

この例では、年間の源泉徴収税額80,000円に対して年税額が55,000円なので、25,000円の還付が必要になります。

逆に、年間の源泉徴収額が年調年税額より少なかった場合は、不足額を徴収することになります。

還付・追加徴収は、通常、年末の給与支払時などに精算します。

STEP5｜源泉徴収票や給与支払報告書を作成する

年末調整が終わったら、源泉徴収票や給与支払報告書などを作成します。

源泉徴収票は、給与を受け取った従業員に交付する必要があります。

また、給与支払報告書は、原則として従業員が住んでいる市区町村へ提出します。

2027年1月からは源泉徴収票のみなし提出の特例が始まるため、税務署へ提出する源泉徴収票の取扱いも変わります。

詳しくは後ほど説明します。

2026年分の年末調整後に行う届出・提出期限

年末調整は、税額を計算して終わりではありません。

給与を支払う個人事業主は、源泉所得税の納付や給与支払報告書の提出なども確認する必要があります。

2027年1月の主な期限

※2027年1月10日は日曜日、翌11日は祝日のため、通常の源泉所得税納付期限は1月12日となります。年末調整の時期・源泉税の納付区分・給与支払報告書の提出義務は個別に確認してください。

納期の特例を受けている場合は1月20日

給与の支払人員が常時10人未満など一定の要件を満たし、納期の特例の承認を受けている場合、源泉所得税を半年ごとにまとめて納付することができます。

通常は毎月納付ですが、納期の特例を受けている場合は、7月から12月に支払った給与等に係る対象の源泉所得税を、翌年1月20日までに納付します。

例えば、2026年7月から12月までに支払った給与については、原則として2027年1月20日が納付期限です。

ただし、納期の特例は自動的に適用されるものではありません。

届出・承認の状況を確認しましょう。

2027年から源泉徴収票のみなし提出の特例が始まる

2027年1月1日以後は、市区町村に給与支払報告書を提出した場合、税務署にも給与所得の源泉徴収票を提出したものとみなす特例が始まります。

そのため、この特例に該当する場合、給与所得の源泉徴収票を税務署へ別途提出する必要がありません。

ただし、従業員への源泉徴収票の交付は引き続き必要です。

また、税理士報酬など他の法定調書について提出義務がある場合は、別途その取扱いを確認する必要があります。

給与支払報告書を提出しただけで、すべての法定調書が不要になるわけではありません。

個人事業主が年末調整で間違えやすい5つのポイント

① 個人事業主本人も年末調整すると勘違いする

事業主本人の事業所得は、通常、年末調整の対象ではありません。

個人事業主自身は、事業の売上・経費・所得控除などを確認し、必要に応じて確定申告を行います。

ただし、個人事業のほかに会社員として給与を受け取っている場合、その勤務先の給与については年末調整を受けることがあります。

その場合も、事業所得を勤務先の年末調整に合算するわけではありません。

② パートやアルバイトには年末調整がいらないと思う

年末調整の対象になるかどうかは、正社員かアルバイトかといった雇用形態だけでは決まりません。

扶養控除等申告書の提出状況などの条件を確認する必要があります。

例えば、アルバイトが本業として勤務しており、年末調整の対象要件を満たす場合は、給与の支払者が年末調整を行います。

③ 青色事業専従者の年末調整を忘れる

家族に給与を支払っている場合、家族だから年末調整が不要というわけではありません。

青色事業専従者も給与所得者であり、対象要件を満たせば年末調整を行います。

また、事業主の配偶者控除・扶養控除との関係も確認が必要です。

④ 前年の控除額・税額表を使う

2026年分の年末調整では、基礎控除や給与所得控除が改正されています。

前年の計算シートや控除額を使用した場合、年調年税額が正しく計算されないおそれがあります。

特に扶養親族の所得要件や生命保険料控除の特例は、従業員によって適用関係が異なるため注意しましょう。

⑤ 年末調整後の提出書類を忘れる

年末調整で還付額や徴収額を計算した後は、源泉徴収票の交付や給与支払報告書の作成・提出などが必要です。

また、源泉所得税の納付も忘れないようにしましょう。

2027年から始まる源泉徴収票のみなし提出の特例についても、適用要件を確認しておくことをおすすめします。

個人事業主が年末調整を自分で行うのは難しい？

従業員が少人数の個人事業主であれば、国税庁の年末調整計算シートや公式資料を使って、自分で年末調整を行うことも可能です。

ただし、従業員の家族構成や給与額によって控除額が変わるため、申告書の内容を一つずつ確認する必要があります。

特に2026年分は税制改正の影響があるため、前年の手続きをそのまま繰り返すのは避けましょう。

給与計算サービスを利用する方法

給与計算や年末調整に対応したサービスを利用することで、手作業での転記や計算を減らせる場合があります。

ただし、会計ソフトを契約しているだけで、給与計算や年末調整の機能がすべて利用できるとは限りません。

例えば、会計ソフトと給与計算ソフトが別サービスになっている場合や、利用できる機能が契約プランによって異なる場合があります。

必要な機能と料金を公式サイトで確認しましょう。

税理士に依頼する方がよいケース

従業員が多い場合や、複数の控除が関係する場合、年末調整を自分で進めるのが難しいことがあります。

例えば、次のようなケースです。

• 従業員の人数が増えている
• 中途入社や退職者が多い
• 扶養親族等の判定が複雑
• 住宅ローン控除を受ける従業員がいる
• 源泉所得税の納付や法定調書の提出も整理したい

このような場合は、税理士等に相談することも検討しましょう。

また、個人事業主自身の確定申告について依頼したい場合は、次の記事も参考になります。

2026年分の年末調整チェックリスト

年末調整を始める前に、次の項目を確認しておきましょう。

毎年の作業ではありますが、2026年分は税制改正による変更もあるため、最新の国税庁資料を使って進めることをおすすめします。

個人事業主の年末調整でよくある質問

Q. 従業員が1人だけでも年末調整は必要ですか？

従業員が1人だけでも、年末調整の対象要件を満たす給与所得者がいれば、原則として年末調整が必要です。

従業員の人数だけで判断するのではなく、扶養控除等申告書の提出状況などを確認しましょう。

Q. 給与から所得税を天引きしていなくても年末調整をしますか？

毎月の給与から差し引く源泉所得税が0円であっても、年末調整の対象要件に該当するか確認する必要があります。

給与額が少ないことだけを理由に、年末調整の確認を省略するのは避けましょう。

また、源泉徴収票の交付や給与支払報告書の提出は、源泉所得税が0円かどうかとは別に判断する必要があります。

Q. 妻に青色事業専従者給与を支払っている場合、年末調整は必要ですか？

妻が青色事業専従者給与を受け取っている場合も、年末調整の対象要件を満たせば年末調整が必要です。

青色事業専従者は事業主の配偶者控除の対象にならないことにも注意しましょう。

Q. 年末調整をした従業員は確定申告しなくてもよいですか？

年末調整で給与所得に対する税額の精算が完了した場合、通常は確定申告が不要になることがあります。

ただし、医療費控除を受ける場合や、副業の所得がある場合、給与以外に申告が必要な所得がある場合などは、確定申告が必要になることがあります。

また、確定申告をする場合は、年末調整済みの給与所得も申告内容に反映する必要があります。

Q. 年末調整が終わった後、従業員に子どもが生まれた場合は？

年末調整後に扶養親族等の状況が変わった場合、一定の期限までに年末調整を再計算できることがあります。

例えば、年末調整後に子どもが生まれ、所得金額調整控除や生命保険料控除の特例に関係する場合です。

必要な申告書の提出や、従業員からの申出などの条件を確認しましょう。

年末調整の再計算を行わず、本人が確定申告する方法も考えられます。

Q. 年末調整と確定申告は何が違いますか？

年末調整は、給与の支払者が給与所得者の所得税等を精算する手続きです。

一方、確定申告は、納税者が自分の所得や所得控除などを計算して申告する手続きです。

個人事業主本人の事業所得については、通常、確定申告で計算します。

まとめ｜個人事業主本人は確定申告、従業員・専従者には年末調整

個人事業主本人の事業所得については、通常、年末調整は必要ありません。

しかし、従業員や青色事業専従者へ給与を支払っている場合は、給与の支払者として年末調整を行う必要があることがあります。

特に2026年分の年末調整では、所得税の基礎控除や給与所得控除の引上げ、扶養親族等の所得要件の変更、23歳未満の扶養親族がいる場合の生命保険料控除の特例などに注意が必要です。

また、年末調整が終わった後も、源泉所得税の納付や給与支払報告書の提出などの手続きが残っています。

2027年1月からは源泉徴収票のみなし提出の特例も始まるため、提出先や作成すべき書類を最新情報で確認しましょう。

個人事業主が年末調整を進める際は、従業員ごとの対象要件を確認し、2026年分の最新資料を使って税額を計算することが大切です。

年末調整だけでなく、帳簿管理や確定申告についても負担が大きくなっている場合は、会計ソフトや専門家の活用を検討しましょう。

参考情報・公的資料

• 国税庁｜年末調整がよくわかるページ（令和8年分）
• 国税庁｜令和8年分 年末調整のしかた
• 国税庁｜令和8年分 年末調整の手順と改正点
• 国税庁｜No.2665 年末調整の対象となる人
• 国税庁｜No.2668 年末調整の対象となる給与
• 国税庁｜No.1199 基礎控除
• 国税庁｜No.1410 給与所得控除
• 国税庁｜No.2075 青色事業専従者給与と事業専従者控除
• 国税庁｜No.2502 源泉徴収義務者とは
• 国税庁｜源泉徴収義務者の方へ・源泉徴収票のみなし提出の特例

本記事は2026年10月22日時点で公開されている国税庁の資料に基づく一般的な解説です。税額・年末調整の対象者・控除額・提出書類等は個別の事情によって異なります。具体的な計算や提出手続きは、最新の国税庁資料を確認し、必要に応じて税理士等の専門家へご相談ください。